1958年，为满足国家研制晶体管计算机的战略需求，中国科学院微电子研究所的前身——原中国科学院109厂应运而生。1986年，109厂与中国科学院半导体研究所、计算技术研究所有关研制大规模集成电路部分合并为中国科学院微电子中心。2003年9月，正式更名为中国科学院微电子研究所。　　

　　经过五十多年的发展，中国科学院微电子研究所已经成为国内微电子领域学科方向布局最完整的综合研究与开发机构，是中国科学院EDA中心、中国科学院物联网研究发展中心、中国科学院大学微电子学院（国家示范性微电子学院）的依托单位，是国家科技重大专项集成电路装备及工艺前瞻性研发牵头组织单位。

　　中国科学院微电子研究所的中长期战略定位是：中国微电子技术创新的引领者和产业发展的推动者。主要研究领域包括:高可靠器件与电路、集成电路先进制造工艺、集成电路设计技术、集成电路装备、集成电路高密度封装、物联网核心技术、微波器件与电路、纳米电子学等。现拥有2个基础研究类中国科学院重点实验室（微电子器件与集成技术重点实验室、硅器件技术重点实验室），4个行业服务类研发中心（中国科学院EDA中心、集成电路先导工艺研发中心、系统封装与集成研发中心、中科新芯三维存储器研发中心），4个行业应用类研发中心（通信与信息工程研发中心、新能源汽车电子研发中心、健康电子研发中心、智能感知研发中心），3个核心产品类研发中心（硅器件与集成研发中心、高频高压器件与集成研发中心、微电子仪器设备研发中心）。